Il convento dei francescani di Bolzano fu fondato nel 1221 ed è quindi uno dei più antichi, se non il più antico convento francescano dell'area linguistica tedesca. Nel XIII secolo, oltre i domenicani anche i francescani, in quanto ordine dedito allo studio, erano portatori del sapere. L'erudizione era considerata un fondamento importante per l'apostolato e la predicazione, il che rese necessaria anche l'istituzione di un'apposita biblioteca.
Nel medioevo, la biblioteca dei francescani a Bolzano era tra le più grandi e importanti dell'area tirolese. Del suo periodo iniziale non è tuttavia rimasta alcuna traccia, poiché il convento – e con esso anche l'archivio e la biblioteca – fu distrutto nell'incendio che colpì la città nel 1291. Successivamente convento e chiesa furono ricostruiti in stile gotico. Nel 1632, la biblioteca storica si trasferì nella sua sede attuale al primo piano, come testimonia una targa affissa sulla porta.
La biblioteca fu risparmiata dalle soppressioni giuseppine, ma non dai saccheggi nel periodo napoleonico. Si presume che anche la ricca raccolta di incunaboli sia stata decimata in quest'epoca. Benché in merito al numero originario di incunaboli in possesso della biblioteca francescana non vi siano dati certi, secondo l'ex bibliotecario, padre Bruno Klammer, la biblioteca ne avrebbe posseduti oltre 900, rappresentando una delle maggiori raccolte dell'area tedesca meridionale. Secondo Pizzala, nel 1870 erano presenti 172 incunaboli, mentre Dörrer nel 1934 parla di 634 incunaboli e antiche stampe, anche se questo numero presumibilmente comprende anche postincunaboli fino al 1525. All'inizio degli anni '10 del 2000, il guardiano di allora, padre Bernard Holter, ha scoperto un catalogo storico della biblioteca, composto da quattro volumi, risalente all'inizio del XIX secolo, che riporta circa 250-300 incunaboli. Oggi, la biblioteca dei francescani ne possiede ancora 25.
Le vicende belliche del XX secolo hanno causato gravi perdite al patrimonio librario della biblioteca. Secondo Klammer, tutte le minacce immaginabili si sarebbero concretizzate, come i bombardamenti al convento e il trasferimento delle opere durante la Seconda guerra mondiale (con conseguenti perdite), la disastrosa mancanza di spazi e l'eccessivo riempimento di quelli esistenti che da decenni ha reso impossibile qualsiasi riorganizzazione, ricatalogazione e fruizione pubblica. La biblioteca ha dovuto subire anche l'alienazione di opere, ad esempio a causa dell'impoverimento nel dopoguerra (distruzione della chiesa e di parti del convento durante la guerra) – informazioni tratte da: Klammer, Franziskanerbibliothek Bozen – ein Projekt, p. 87, e qui tradotte. Oggi, numerosi incunaboli e postincunaboli provenienti dal convento dei francescani di Bolzano sono sparsi in tutto il mondo.
Negli anni '80, il vecchio refettorio, non più utilizzato, è stato trasformato in un'ala della biblioteca con sala di lettura e due magazzini sotterranei per i libri, nei quali sono ospitate, tra l'altro, le opere trasferite durante la guerra, periodici e opere lasciate da confratelli defunti.
Oltre alla biblioteca storica del convento, che conta ca. 65.000 volumi, il convento dei francescani ospita, nelle sue scaffalature compattabili, anche i fondi di altre biblioteche, principalmente di conventi francescani o cappuccini in parte abbandonati:
- Francescani di Caldaro
- Francescani di San Candido
- Francescani di Klosterlechfeld
- Biblioteca Mamming
- Cappuccini di Bolzano
- Cappuccini di Malles
- Curazia di San Martino a Signato
Oggi, la biblioteca dei francescani di Bolzano può essere considerata la biblioteca centrale dei fondi librari francescani in Alto Adige. Tuttavia, non è stato possibile realizzare il progetto che originariamente prevedeva di rendere questa biblioteca storica di stampo francescano accessibile al pubblico.
Tutti i fondi depositati all'interno del convento dei francescani sono stati censiti nel corso degli anni 2000 nell'ambito del progetto del CBS.