Anfang des 17. Jahrhundert schickte der Churer Fürstbischof Johann V. Flugi (1601–1627) Jesuiten und Kapuziner zur Missionierung in den Vinschgau, um dem aus der Schweiz vordringenden Calvinismus Einhalt zu gebieten. Obwohl der neue Bischof von Chur, Johann VI. Flugi von Aspermont (1636–1661), sich zunächst gegen die Errichtung eines Kapuzinerklosters in Schlanders stemmte, konnte durch die Fürsprache der Gemeinde und des päpstlichen Nuntius im Jahr 1639 zunächst ein Kapuzinerhospiz, 1644 schließlich ein Kloster gegründet werden. Unter der bayerischen Regierung wurde das Kloster 1808 aufgehoben und die Kapuzinerpatres, darunter auch der Tiroler Freiheitskämpfer P. Joachim Haspinger, wurden nach Klausen abgeführt. 1809 konnten die Kapuziner das Kloster in Schlanders wieder beziehen.
Nach über 370 Jahren verließen die Kapuziner im Mai 2018 das Kloster, das im Juni 2018 an die Missionare des Heiligen Franz von Sales übergeben wurde.
Die Kapuzinerbibliothek von Schlanders wurde im Zuge des Klosterumbaus in den Jahren 1979–1980 in die Provinzbibliothek nach Brixen überführt. Die modernen Werke (ab 1920) wurden nach Beendigung der Renovierungsarbeiten wieder nach Schlanders gebracht, die alten Drucke bis zum Erscheinungsjahr 1850 verblieben in Brixen. Dieser Altbestand, der insgesamt 2.864 Bände umfasst, wurde von EHB-Mitarbeitern in den Jahren 2004– 2005 erfasst.
Der Grundstock der Bibliothek besteht aus Büchern der ehemaligen Handbibliothek des Kapuzinerhospizes. Der Schwerpunkt des Buchbestandes liegt mit 92% auf der Theologie, wobei die Schriften zur Homiletik, gefolgt von der Spiritualität, dominieren. Auch apologetische Werke, die gegenreformatorisches und antiprotestantisches Schriftgut umfassen, sind stark vertreten.
Zudem umfasst der Bestand zahlreiche kuriose Druckwerke, darunter etwa Bücher zur seelsorgerischen Begleitung von zum Tode Verurteilten („Galgenpastoral“), Abhandlungen über Hexen, zahlreiche Exorzismus-Schriften sowie Texte mit antisemitischem und türkenfeindlichem Inhalt.
Die Schlanderser Kapuzinerbibliothek besitzt vier Inkunabeln. Über die Hälfte der Bücher stammt aus dem 18. Jahrhundert, während rund 20% auf das 17. Jahrhundert entfallen. Sprachlich dominiert das Deutsche mit 60%, gefolgt von lateinischen Werken, die 36% des Bestandes ausmachen. Zudem umfasst die Bibliothek einen Tirolensien-Bestand von 9%.