Die Gründung des Kapuzinerklosters in Klausen wurde vom Klausner Kapuzinerpater Gabriel Pontifeser (*1653–✝1706) angeregt, der in Madrid als Beichtvater der spanischen Königin Maria Anna, Ehefrau König Karls II., wirkte. Im Jahr 1700 stiftete sie das Kloster und auch zahlreiche Bücher für dessen Bibliothek – davon zeugen heute noch die 121, zum Teil in spanischer Sprache verfassten Werke, die das Wappenexlibris der Königin tragen. Drei besonders prachtvoll ausgestattete Werke aus dieser Sammlung sind heute als Teil des Loreto-Schatzes im Klausner Stadtmuseum ausgestellt.
Das Klausner Kapuzinerkloster blieb von den Klosteraufhebungen unter Joseph II. und der Bayerischen Regierung zwar verschont, allerdings wurden im Zuge der Bayerischen Klosteraufhebung einige Kunstgegenstände und einzelne kostbare Bücher konfisziert und nach München gebracht.
Im Jahr 1972 wurde das Kapuzinerkloster Klausen aufgelassen und das Gebäude samt Garten der Stadtgemeinde Klausen übergeben. Heute sind dort u.a. das Stadtmuseum und die Stadtbibliothek untergebracht.
Anfang des 20. Jahrhunderts zählte die Kapuzinerbibliothek Klausen an die 6.000 Bände. Im Jahr 1964 wurden wegen der Verlegung des Kapuzinernoviziats von Klausen nach Bruneck auch Buchbestände der Klausner Klosterbibliothek in das Brunecker Kloster gebracht.
1971 wurde die historische Bibliothek der Kapuziner Klausen in das Brixner Provinzkloster überführt, nachdem vorher hauptsächlich Drucke des 19. und 20 Jahrhunderts aus dem Bestand ausgeschieden und an einen Antiquar veräußert worden waren.
Der heute im Brixner Kapuzinerkloster aufbewahrte Bestand der Kapuziner Klausen zählt ca. 3.300 Bände, darunter vier Inkunabeln. Rund 3% der Druckwerke stammt aus dem 16. Jahrhundert, 20% der Bücher ist im 17. Jahrhundert und mehr als die Hälfte im 18. Jahrhundert erschienen. Das 19. und 20. Jahrhundert sind relativ schwach vertreten.
Der inhaltliche Schwerpunkt der Büchersammlung liegt mit 95% auf der Theologie: Besonders stark vertreten sind die Homiletik mit 31% sowie die Spiritualität mit 16%. Der Tirolensienanteil beträgt 12%.
Die Kapuzinerbibliothek Klausen wurde in den Jahren 2004-2005 im Zuge des Projekts EHB erschlossen.