Trotz des massiven Widerstands seitens des Stiftskapitels und einiger einflussreicher Innichner Bürger, erlaubte Kaiser Leopold I. im Jahr 1690 die Errichtung eines Franziskanerklosters in Innichen. 1691 kamen die ersten Franziskanerpatres „zu Missionszwecken“ nach Innichen und fanden vorübergehend Unterkunft im dortigen Pfleghaus. Als großzügigster Wohltäter erwies sich der Propstei- und Kapitelamtmann Michael Dinzl von Angerburg (*1671–✝1706), der den Franziskanern sein „Pummesguet“ als Baugrund für das Kloster unentgeltlich zur Verfügung stellte. In den Jahren 1693 bis 1698 wurden Kirche und Kloster erbaut, bereits 1694 konnten die Patres ihre neue Bleibe beziehen.
Das nahe am Zusammenfluss von Sextnerbach und Drau gelegene Kloster wurde immer wieder von schweren Hochwassern und Überschwemmungen heimgesucht – zuletzt im Jahr 1965.
Ein tragisches Schicksal traf das Franziskanerkloster im Zweiten Weltkrieg: Am 3. März 1945 wurden Kirche und Kloster durch einen Tieffliegerangriff bis auf die Grundmauern fast vollständig zerstört. Auch die gesamte Klosterbibliothek, die wertvolle Handschriften, Inkunabeln und Frühdrucke beherbergte, brannte nieder.
Nach dem Kriegsende wurde umgehend mit dem Wiederaufbau des Klosters und seiner Bibliothek begonnen, die mit zahlreichen Bücherspenden (vor allem Dubletten) der Franziskanerklöster Bozen, Kaltern und Brixen, Büchern aus dem Privatbesitz von Innichner Franziskanern sowie des Augustinerchorherrenstiftes Neustift neu bestückt werden konnte. Heute umfasst der Bibliotheksbestand ca. 7.000 bis 8.000 Werke.
Der historische Bestand des Innichner Franziskanerklosters, bestehend aus 931 Bänden, wurde Mitte der 1980er-Jahre ins Franziskanerkloster Bozen überführt und dort im Zuge des Projekts EHB im Jahr 2000 katalogisiert. 90% der erfassten Bücher sind der Theologie zuzuordnen, wobei die Aszetik, Homiletik und Dogmatik die dominierenden Fachdisziplinen darstellen. Die Tirolensien nehmen fast 13% des Gesamtbestandes ein. Das älteste Werk stammt aus dem Jahr 1571.
Das Innichner Franziskanerkloster ist derzeit nicht besetzt.