Die Geschichte des Bozner Franziskanergymnasiums beginnt im Jahr 1781, als der Bozner Stadtmagistrat die Franziskaner mit dem Unterricht im neuen k.k. Gymnasium betraute. Im Zuge des Kulturkampfes wurde die Schule 1871 verstaatlicht und den Franziskanern der Lehrauftrag entzogen. Alle Sammlungen, darunter auch die etwa 5.000 Bände umfassende Gymnasialbibliothek, verblieben im nunmehrigen Staatsgymnasium. Die Franziskaner eröffneten hingegen 1872 unter Direktor P. Vinzenz Gredler, einem renommierten Naturwissenschaftler, eine eigene Privatlehranstalt und begannen mit dem Neuaufbau ihrer Sammlungen. Das Privatgymnasium der Franziskaner erfreute sich immer stärkeren Zuspruchs unter der Bozner Bevölkerung, sodass im Jahr 1882 in der Vintlerstraße ein eigenes Schulgebäude errichtet wurde, in dem es bis heute untergebracht ist. Das Staatsgymnasium musste hingegen wegen mangelnder Einschreibungen schon 1888 seine Tore schließen. Der Großteil der alten Gymnasialbibliothek gelangte nach der Auflösung des Staatsgymnasiums in das Bozner Stadtmuseum (darunter 25 Inkunabeln und andere wertvolle Drucke) und in die Bozner Stadtbibliothek „Cesare Battisti“.
Die Anfänge der Gymnasialbibliothek sind für das Schuljahr 1821/22 belegt: Vizedirektor Joseph von Giovanelli, ein großer Wohltäter der Bibliothek, begann gemeinsam mit den Patres Dismas Tuzer, Leonhard Plattner und Eustachius Tanzer mit dem Sammeln von Büchern für den Schulgebrauch. Im Laufe der Jahre und Jahrzehnte wuchs die Gymnasialbibliothek (auch „Professorenbibliothek“ genannt) durch zahlreiche Ankäufe, Schenkungen und Nachlässe an. Heute umfasst die Professorenbibliothek, die fortlaufend mit Neuzugängen bestückt wird, über 70.000 Bände.
Zu den ältesten und interessantesten Werken der Professorenbibliothek gehören etwa Frühdrucke zur antiken Kriegskunst und Architektur, illustrierte naturwissenschaftliche Bände und Werke der Aufklärung (z.B. Diderots Encyclopédie). Das älteste Werk stammt aus dem Jahr 1517.
Die Bibliothek ist in 21 Fachgruppen unterteilt – die größte davon ist die deutsche Sprache und Literatur, gefolgt von den Fachgruppen Tirolensien, Geschichte, fremdsprachige Literatur und Naturgeschichte. Daneben gibt es noch eine große Sammlung an Schulprogrammen (ca. 9.000 Hefte), die größtenteils aus den Städten der ehemaligen Habsburgermonarchie Österreich-Ungarn stammen. Das Herzstück der Professorenbibliothek bildet der umfangreiche Tirolensienbestand. Der ehemalige Bibliothekar P. Ambros Martini (✝2009) legte einen speziellen Tirolensien-Katalog und eine Sammlung von tirolensischen Zeitungsartikeln und Aufsätzen an, die auch heute noch fortgeführt wird.
Die Professorenbibliothek wurde in den Jahren 2014-2017 durch das Projekt EHB erschlossen und wird intern weitergeführt.