Das Kapuzinerkloster zur hl. Katharina in Brixen wurde 1603 unter Fürstbischof Christoph Andreas von Spaur (1601–†1613) gegründet. Die ersten Kapuziner waren aber bereits 1602 in die Bischofsstadt gekommen und brachten vermutlich schon einige Bücher mit – darunter wohl vor allem geistliche Schriften und Predigtliteratur.
Den Grundstock der Brixner Kapuzinerbibliothek bilden die Büchersammlungen des Hofpredigers Anton Klesl, des Weihbischofs Simon Feurstein (1597–†1623) und des Domherrn Andrä Puecher von Walchersaich (1626–1651). Die Bibliothek besitzt etwa 120 Inkunabeln und über 2.000 Drucke des 16. Jahrhunderts (cinquecentine).
Im Laufe der Jahre und Jahrzehnte wuchs der Bibliotheksbestand rasch an. Er wurde nicht nur durch Ankäufe, sondern auch vor allem durch Schenkungen und Nachlässe vermehrt. Heute zählt die Bibliothek an die 29.000 Bände.
Der Bücherbestand konzentriert sich überwiegend auf religiöse und theologische Themen, während weltliche Fächer nur geringfügig vertreten sind. Besonders umfangreich und sorgfältig gepflegt wurde die Sammlung von Predigtwerken – insbesondere solche von Kapuzinerautoren. Zudem finden sich zahlreiche Andachtsbücher, Werke zur geistlichen Lesung und Theologie, Anleitungen zur Betrachtung und Meditation sowie Heiligenbiographien.
In den letzten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts wurden mehrere Südtiroler Kapuzinerklöster aufgelassen. Deren historische Büchersammlungen wurden in das Kapuzinerkloster nach Brixen gebracht, das nun als Provinzbibliothek fungiert: Es sind das die Buchbestände der Kapuzinerbibliotheken Eppan, Klausen, Schlanders, Müstair, Sterzing, Bruneck und Lana. Um Platz zu schaffen für die zum Teil recht umfangreichen Büchersammlungen dieser aufgelassenen Kapuzinerklöster, wurden die ehemaligen Werkstätten der Laienbrüder (Schneiderei, Schusterei, Tischlerei) und die Vorratskammern im Anbau des Klosters geräumt und Kompaktanlagen aufgebaut.
Anfang der 2000er-Jahre wurden neben der Brixner Klosterbibliothek folgende Kapuzinerbestände von EHB digital erschlossen (insgesamt über 50.000 Bände):
Daneben wurden auch einzelne Bücher anderer Südtiroler Kapuzinerklöster, die sich im Brixner Kapuzinerkloster befinden, katalogisiert:
- Kapuziner Sterzing (50 Bände und 4 Zeitschriften, Erscheinungszeitraum 1504–1914)
- Kapuziner Meran (6 Bände, Erscheinungszeitraum 1723–1922)
- Kapuziner Bruneck (24 Bände, Erscheinungszeitraum 1618–1912)