Il convento dei cappuccini di Bolzano, dedicato a sant'Antonio da Padova, fu fondato nel 1599 ed è la prima sede dei cappuccini nel territorio dell'odierno Alto Adige. Contestualmente al convento fu istituita anche una biblioteca che serviva per la formazione giuridica, filosofica e teologica di base dei frati nonché per la loro attività di predicazione. Il patrimonio crebbe soprattutto tramite donazioni e lasciti.
La biblioteca contiene principalmente opere religiose, ma anche libri di storia, geografia e altre scienze secolari. Le Tirolensien ammontano a circa l'11% del fondo librario. Per la maggior parte le stampe (ca. 35%) risalgono al XIX secolo, seguono quelle del XX (ca. 34%) e del XVIII secolo (ca. 20 %). Le cinquecentine e le seicentine ammontano rispettivamente al 2% e al 7%. Circa lo 0,02% è costituito da incunaboli (nel 1874 erano probabilmente ancora 36, di cui quattro sono arrivati fino a oggi).
Durante le guerre napoleoniche, il convento dei cappuccini di Bolzano fu soppresso dal governo del Regno d'Italia. L'intera struttura del convento, compresa la biblioteca, fu dismessa. Il suo archivio fu trasferito a Trento, dove una parte significativa andò perduta.
Nel 1816, il convento dei cappuccini fu ripristinato grazie al sostegno di Katharina von Hepperger, considerata la "seconda fondatrice" del convento.
Nel corso della Seconda guerra mondiale, il convento e la chiesa furono gravemente danneggiati e tra il 1945 e il 1947 furono ricostruiti. Alcuni dei libri più antichi e preziosi, che durante la Seconda guerra mondiale erano stati messi al sicuro in un maso a Nova Levante, andarono perduti. Secondo Germiniasi, un monaco avrebbe riferito, in assoluta buona fede, per imprudenza, della raccolta di libri a un gruppo di soldati, per cui delle opere non rimase più traccia.
Nel 1990, l'Ordine cedette due terzi dell'edificio del convento, insieme al giardino, all'amministrazione provinciale che vi insediò la Scuola professionale provinciale per le professioni sociali "Hannah Arendt" aprendo al pubblico il parco adiacente. Inoltre, dal 2015, in alcune stanze del convento ha sede l'organizzazione di volontariato "Vinzenzgemeinschaft Südtirol".
Il fondo storico della biblioteca dei cappuccini di Bolzano, probabilmente all'inizio degli anni '90, è stato trasferito nel convento dei francescani del capoluogo e da allora è conservato in un'apposita scaffalatura compattabile. La catalogazione del fondo librario, comprendente circa 27.000 volumi, è avvenuta all'inizio degli anni 2000 nell'ambito del progetto del CBS.