Nonostante la forte opposizione del capitolo della collegiata e di alcuni influenti cittadini, l'imperatore Leopoldo I autorizzò la costruzione di un convento di francescani a San Candido. I primi frati francescani giunsero a San Candido nel 1691 "per scopi missionari", trovando temporaneamente alloggio nell'edificio dell'amministrazione vescovile (Pfleghaus). Il funzionario della prepositura e del capitolo Michael Dinzl von Angerburg (*1671–✝1706) si dimostrò un gran benefattore mettendo a disposizione dei francescani, a titolo gratuito, il terreno di sua proprietà "Pummesguet" per erigere il convento. Tra il 1693 al 1698 ebbe luogo la costruzione della chiesa e del convento e già nel 1694 i frati poterono insediarsi nella loro nuova casa.

Il convento, che si trovava in prossimità della confluenza del Rio Sesto con la Drava, fu spesso colpito da gravi piene e inondazioni, di cui l'ultima risale al 1965.

La Seconda guerra mondiale riservò al convento un tragico destino: il 3 marzo 1945 un attacco aereo a bassa quota lo distrusse quasi completamente assieme alla chiesa. Anche gran parte della biblioteca del convento, che ospitava preziosi manoscritti, incunaboli e postincunaboli, fu divorata dalle fiamme.

Al termine della guerra fu immediatamente avviata la ricostruzione del convento e della sua biblioteca, che tornò a rinascere grazie alle numerose donazioni di libri (soprattutto doppioni) provenienti dai conventi francescani di Bolzano, Caldaro e Bressanone, nonché di libri di proprietà privata dei francescani di San Candido e dal monastero dei canonici agostiniani di Novacella. Oggi la biblioteca ha un patrimonio che va dalle 7.000 alle 8.000 opere.

Il fondo storico del convento francescano di San Candido, costituito da 931 volumi, fu trasferito nel convento dei francescani di Bolzano a metà degli anni '80 e catalogato nel 2000 nell'ambito del progetto del CBS. Il 90% dei libri censiti afferiscono alla teologia: a dominare sono discipline quali l'ascetica, l'omiletica e la dogmatica. Le Tirolensien ammontano a circa il 13% del fondo complessivo. L'opera più antica risale al 1571.

Attualmente il convento dei francescani di San Candido è disabitato.