La storia dell'odierno Liceo dei francescani (Franziskanergymnasium) di Bolzano inizia nel 1781, quando il Magistrato civico di Bolzano affidò ai francescani l'insegnamento nel nuovo imperial-regio ginnasio. Nel 1871, per effetto del Kulturkampf, la scuola fu statalizzata e ai francescani fu tolto l'incarico di insegnare. Tutte le raccolte, tra cui anche i circa 5.000 volumi della biblioteca ginnasiale, restarono in quello che era diventato un ginnasio di Stato. I francescani, dal canto loro, aprirono un proprio istituto d'istruzione privato sotto la direzione di padre Vinzenz Gredler, rinomato naturalista, e iniziarono a ricostituire le collezioni. Il ginnasio privato dei francescani fu sempre più gradito dalla popolazione bolzanina, tant'è che nel 1882 fu costruito un apposito edificio scolastico che, oggi come allora, si trova in via Vintler. Il ginnasio di Stato, invece, già nel 1888 dovette chiudere a causa della mancanza di iscrizioni. In seguito alla sua soppressione, gran parte della vecchia biblioteca ginnasiale fu trasferita al Museo civico di Bolzano (tra cui 25 incunaboli e altre pregevoli stampe) e alla Biblioteca civica "Cesare Battisti".
Stando alla documentazione, l'inizio dell'attività della biblioteca ginnasiale risale all'anno scolastico 1821/22, quando il vicedirettore Joseph von Giovanelli, un gran benefattore della biblioteca, iniziò a raccogliere libri per l'uso scolastico insieme ai padri Dismas Tuzer, Leonhard Plattner e Eustachius Tanzer. Nel corso degli anni e dei decenni, la biblioteca ginnasiale (chiamata anche "biblioteca dei professori") crebbe grazie a numerosi acquisti, donazioni e lasciti. Oggi, anche mediante continui nuovi arrivi, conta oltre 70.000 volumi.
Tra le opere più antiche e interessanti si annoverano postincunaboli sull'arte bellica e l'architettura nell'antichità, volumi naturalistici illustrati e opere dell'Illuminismo (p.es. l'Encyclopédie di Diderot). Quella più antica risale al 1517.
La biblioteca è suddivisa in 21 categorie tematiche: la categoria più rappresentata è lingua e letteratura tedesca, seguita da Tirolensien, storia, letteratura straniera e storia naturale. Inoltre, è presente una grande raccolta di programmi scolastici (ca. 9.000 libretti) provenienti in gran parte dalle città della monarchia austro-ungarica degli Asburgo. Il cuore della biblioteca è costituito dalla raccolta di libri legati al Tirolo. L'ex bibliotecario, padre Ambros Martini (✝2009), ha realizzato uno specifico catalogo di Tirolensien e una raccolta di articoli di giornale e saggi su questo genere che continua a essere curata ancora oggi.
La "biblioteca dei professori" è stata censita dal progetto del CSB tra il 2014 e il 2017 e ora viene gestita con risorse interne.