Il Museo civico di Merano è tra i più antichi dell'Alto Adige. Fu fondato nel 1900 dal Dr. Franz Innerhofer (*1847-†1918), medico meranese che svolgeva la sua professione a Innsbruck ed era un appassionato collezionista. Del Museo civico fa parte anche una biblioteca concepita come biblioteca di consultazione, il cui fondo originario è rappresentato dai ca. 4.000 volumi della raccolta di Tirolensien che Innerhofer donò al Comune di Merano.
Negli anni '30, in epoca fascista, la gestione del museo e della biblioteca fu tolta al Museumsverein e affidata alla Società Dante Alighieri. In quel periodo, dalle collezioni esposte sparirono numerosi oggetti e dalla biblioteca centinaia di volumi. Nel dopoguerra, sotto la direzione di Josef Prünster, fu possibile recuperare le perdite documentate, ad eccezione di alcune opere di pregio, come ad esempio un incunabolo del 1485 sulla passione di Cristo.
Fino al 1908, il Museo civico di Merano fu ospitato nel cosiddetto Glallhäusl, un edificio situato sulla Passeggiata d'inverno che apparteneva alle dame inglesi. La biblioteca di Tirolensien di Innerhofer si trovava invece presso il ginnasio benedettino in via delle Corse. Nel 1911, il museo e la biblioteca trovarono sistemazione nel nuovo edificio del Kindergartenverein, nell'allora Jahnstraße. Dal 2015, il Museo civico di Merano è ospitato all'interno di Palais Mamming. La biblioteca museale, la cosiddetta "biblioteca Innerhofer", dal 2006 si trova in parte presso l'Archivio storico di Merano in vicolo Passiria e in parte è conservata in un deposito esterno ("Kellerbibliothek").
Nel corso degli anni e dei decenni, la biblioteca è riuscita a crescere anche grazie a generose donazioni (p.es. le biblioteche private di Otto Rudl e Franz Hafner). La biblioteca viene aggiornata costantemente e attualmente comprende circa 40.000 unità. A livello tematico, il fulcro della collezione è costituito da Tirolensien (soprattutto storia, arte, artisti e artiste), pubblicazioni riguardanti in qualche modo l’area meranese (Meranensien) e periodici tirolesi.
Il fondo storico della biblioteca del Museo civico di Merano è stato catalogato tra il 2004 e il 2006 nell'ambito del progetto del CBS, mentre la catalogazione delle opere più recenti, con anno di pubblicazione successivo al 1920, era già stata effettuata dal personale del museo.