Il seminario di Bressanone fu fondato nel 1607 dal principe vescovo Andreas von Spaur (1601-1613) per elevare il livello di istruzione del clero e sollevarne la morale in seguito agli eventi della Riforma. Inizialmente il seminario fu ospitato nell'edificio del Cassianeum. Tra il 1721 e il 1747 le lezioni erano impartite anche dai gesuiti, che altrimenti svolgevano la propria attività all'Università di Innsbruck.
Alla fine del XVIII secolo, il seminario si traferì nella sua attuale sede, l'ospedale della Santa Croce. Sotto il principe vescovo Leopold conte Spaur (1747–1778), il complesso medievale dell'ospedale fu abbattuto per costruire al suo posto, tra il 1764 e il 1771, l'odierno seminario. Nel nuovo edificio, il seminario fu arricchito da due locali sfarzosi: la chiesa consacrata nel 1767 e la sala della biblioteca in stile rococò completata nel 1772, entrambe dipinte dall'artista Franz Anton Zeiller di Reutte. La biblioteca tardobarocca si estende su due piani, è circondata al suo interno da un ballatoio e ospita circa 20.000 opere a stampa. Al suo interno sono conservati i libri più antichi, ad eccezione degli incunaboli e dei manoscritti.
Il fondo originario della biblioteca è senza dubbio costituito dai libri della Bibliotheca aulica Brixinensis, ossia la biblioteca di corte del principato vescovile di Bressanone, dalla quale sono confluiti nella nuova biblioteca molti codici manoscritti medievali di rilievo, alcuni dei quali appartenuti a rinomati vescovi quali Ulrich Putsch, Johann Röttel, Niccolò Cusano e Melchior von Meckau.
La biblioteca si è ampliata nel tempo attraverso nuovi acquisti e generose donazioni. Anche i due manoscritti di maggior pregio della biblioteca, il Karnoler Missale con miniature romaniche del XII secolo e il Coulenborch-Missale con miniature fiamminghe del XV secolo, sono stati ricevuti in donazione.
Gli ambiti tematici della biblioteca sono quelli classici di un seminario: storia sacra e profana, filosofia, liturgia, studi biblici, dogmatica, morale, diritto canonico e civile e arte sacra. Tuttavia, sono presenti anche libri afferenti ad ambiti non attinenti alla religione quali architettura, medicina, scienze naturali nonché letteratura su artigianato e agricoltura.
Nel XIX e da ultimo durante la ristrutturazione del seminario voluta dal vescovo Joseph Gargitter nel 1957-1958, la biblioteca fu ampliata con ulteriori magazzini, un archivio e una sala di lettura. Oggi, la biblioteca del Seminario (detta anche biblioteca diocesana o biblioteca dello Studio teologico accademico di Bressanone) comprende complessivamente circa 170.000 esemplari, tra cui 269 incunaboli e 177 manoscritti medievali.
La catalogazione del fondo librario storico della biblioteca del Seminario (opere a stampa) è avvenuta tra il 2000 e il 2002 nell'ambito del progetto del CBS. I manoscritti medievali sono stati censiti negli anni '10 del 2000 all'interno di un progetto di cooperazione tra lo Studio teologico accademico di Bressanone e la Biblioteca universitaria e provinciale del Tirolo a Innsbruck; alcuni di tali manoscritti sono stati in seguito anche digitalizzati.