La biblioteca della prepositura di Bolzano con i suoi circa 13.600 volumi è senz'altro una delle maggiori biblioteche parrocchiali dell'Alto Adige. È attestato che la sua attività risale al tardo medioevo: un inventario della parrocchiale del 1477 riporta, oltre a beni sacri, anche manoscritti e libri stampati, prevalentemente opere liturgiche.
Le opere non furono raccolte seguendo un unico, chiaro schema, né con un'attività di raccolta costante. Quelle che sono entrate a far parte del patrimonio preservato sono riconducibili solo a un quinto dei parroci e prevosti documentati. La raccolta si compone in prevalenza di legati e lasciti provenienti dall'esterno. Degno di menzione è, in particolare, il fondo dell'umanista e archivista bavarese Erasmus Fend (*1532–✝1587) e di Johannes Fend, da cui proviene gran parte delle cinquecentine della biblioteca.
Nel 1716, la parrocchia di Bolzano fu trasformata in collegiata, cosicché la biblioteca da parrocchiale diventò prepositurale e da allora in poi fu a disposizione dei canonici e dei cappellani corali come biblioteca di studio e consultazione.
Nel XVIII secolo, nel corso dell'Illuminismo, il fondo della biblioteca della prepositura si ampliò rapidamente grazie al prevosto bibliofilo Joseph David Alexander conte Sarnthein (*1742–✝1796) e al suo successore Johann Nepomuk von Buol (*1746–✝1813). I loro lasciti sono stati incorporati nella biblioteca.
La collegiata di Bolzano fu soppressa due volte: nel 1785 sotto Giuseppe II e nel 1808 sotto il governo bavarese. Tuttavia, la biblioteca sembra essere stata risparmiata dalle confische di opere. La collegiata fu ricostituita rispettivamente nel 1792 e nel 1855 per essere poi definitivamente soppressa nel 1986.
Il fondo della biblioteca della prepositura comprende, oltre a scritti teologici, anche opere di studi regionali (Landeskunde), storia, diritto, commercio, arti e mestieri, medicina, scienze naturali e insegnamento. La biblioteca contiene anche una raccolta di prime dissertazioni e alcuni libri della biblioteca del convento dei domenicani soppresso nel 1785. Di particolare rilevanza è la cospicua raccolta di libri prohibiti, costituiti da opere della Riforma e dell'Illuminismo. Gli incunaboli sono complessivamente 34.
Fino alla Seconda guerra mondiale, la biblioteca era ospitata al primo piano dell'edificio della prepositura, nella cosiddetta "sala barocca". Nel 1943/44, il duomo e la prepositura, con la biblioteca, furono bersaglio dei bombardamenti alleati, al termine dei quali i libri furono estratti dal cumulo di macerie e trasportati nella casa del sacrestano, mentre le opere di maggior pregio furono messe in salvo all'interno della tomba dell'arciduca Ranieri nel Duomo di Bolzano.
Oggi la biblioteca prepositurale, insieme all'archivio inventariato, è ospitata in una piccola stanza a volta al pianterreno della vecchia prepositura del Duomo di Bolzano. La biblioteca è stata censita dal progetto del CSB tra il 2002 e il 2004.